Etant donné qu'elles font se rapprocher du Soleil plus de corps qu'elles ne font s'en éloigner, la réaction qui en découle est une tendance à l'élargissement des orbites des planètes géantes. Ce mouvement est régulier et s'effectue sans heurt et sans à-coup pendant des centaines de millions d'années, jusqu'à ce que, six-cent-quarante millions d'années après l'achèvement de la construction des planètes, Saturne se soit suffisamment éloigné de Jupiter pour qu'il effectue un tour autour du Soleil en une durée double. Dans une telle configuration, que l'on appelle résonance, Jupiter et Saturne se croisaient toujours au même endroit sur leur orbite, puisque l'un faisait deux tours autour du Soleil pendant que l'autre n'en bouclait qu'un seul. A chaque rapprochement des deux planètes, Jupiter imprime une modification dans l'orbite de Saturne, l'étirant rapidement en ellipse, alors que jusque là les orbites des planètes géantes étaient des cercles presque parfaits.

Saturne à son tour va perturber la planète qui la suit, mais d'une manière beaucoup plus spectaculaire. Une centaine de milliers d'années après l'entrée en résonance, Saturne est suffisamment proche de la troisième géante pour l'envoyer valdinguer vers l'extérieur. De cette manière, si Neptune avait été cette troisième planète, elle aurait gagné sa position externe en dépassant Uranus. Pendant cinquante millions d'années, les orbites des planètes gazeuses, hormis celle de Jupiter, seront considérablement déformées, et les dimensions du Système Solaire vont presque doubler. Uranus et Neptune, envoyées au beau milieu de la ceinture externe de planétésimaux, vont y semer la pagaille et les disperser. Bon nombre d'entre eux seront éjectés vers le Système Solaire intérieur, provoquant un bombardement massif ; on pense qu'en ce temps-là, il tombait un objet d'un kilomètre de diamètre tous les vingt ans. Les traces de ce bombardement tardif sont encore visibles sur les astres qui ont pu les conserver : ce sont par exemple les mers de la Lune.

En perturbant les planétésimaux qu'elles croisent, les planètes géantes vont voir leurs orbites se circulariser peu à peu. Elles conserveront toutefois une excentricité, un aplatissement assez marqué, témoignage de cette époque chaotique. Et enfin, sept-cent cinquante millions d'années après l'instant zéro, celui de la sédimentation des grains de poussière dans un fin disque équatorial, le Système Solaire prit véritablement le visage qu'on lui connaît à présent, et pour des milliards d'années encore.